O irmão de Michael Scofield, Lincoln Burrows, está no corredor da morte e será executado em alguns meses, após ser condenado por um assassinato que Michael está convencido que Lincoln não cometeu. Michael decide assaltar um banco para ser preso e levado para a Penitenciária Estadual Fox River, o mesmo local onde seu irmão está a cumprir pena. Uma vez lá dentro, Michael — um engenheiro estrutural com as plantas da prisão tatuadas no corpo — começa a executar um elaborado plano para libertar Lincoln e provar sua inocência.